分子動力学 GROMACS計算の実行
今回は、実際にGROMACSで分子動力学計算を行っていきます。前回の記事「GROMACS計算の下準備 ～分子構造作成・力場割り当て・分子の集合体の準備～」で作成したインプットファイルを使いますので、作成していない場合はそちらの記事を参照してください。
分子動力学 
分子動力学 GROMACS計算の下準備 ～分子構造作成・力場割り当て・分子の集合体の準備～
今回は、実際に分子動力学法による計算を行うための下準備を行っていきます。以前の記事「分子動力学法の計算の流れ」で計算の流れを説明しました。この流れに沿って、下準備のやり方を書いていきます。
分子動力学 acpypeのインストール
分子動力学法の下準備に便利なプログラムであるacpypeのインストール方法を紹介します。この力場の割り当てを手動で行うのは非常に手間であり、何らかのプログラムを使って割り当てることを推奨します。その際に役立つプログラムの一つがacpypeです。
Python Minicondaのインストール
AnacondaとMinicondaについて紹介します。これらはPythonとR用のディストリビューションツールです。ディストリビューションとは、ソフトウェアの集合体とだけ理解しておけばここではOKです。機械学習やデータサイエンスを始めるのに非常に便利なプログラムです。
分子動力学 分子動力学法の計算の流れ
今回は、分子動力学法による計算の流れについて書いていきます。シミュレーションができる環境が整っても、どのように計算を進めていけば良いのかわからないケースは多々あると思います。そのため、実際の計算を始める前に、一度全体の流れを把握することをお勧めします。
分子動力学 GROMACSのインストール
今回は、以前に紹介した分子動力学法のプログラムの一つ、GROMACSのインストール手順を紹介します。初めて計算化学をやってみる人にとって、大きな障害となる一つがLinux環境へのプログラムのインストールと思います。そういった場合に、本記事を参考に頂ければ嬉しい限りです。
Linux CMakeのインストール
GROMACSのインストールにあたって、CMakeというプログラムのインストールが必要になります。CMakeの詳細は省きますが、インストールの手順はこの記事で説明していきます。
計算化学全般 Tera Term ・ WinSCPのインストール
今回は、VirtualBoxの仮想環境を使いやすくするためのツールを紹介します。VirtualBoxの仮想環境を起動した際に表示されるウインドウでも問題なく使えますが、操作のしやすさやファイルの移動がしにくいと感じると思います。
VirtualBox VirtualBoxへのAlmaLinuxインストール
今回は、前回の記事でインストールしたVirtualBoxを使って、Linuxの仮想環境を作成する手順を紹介します。
VirtualBox VirtualBoxのインストール
この記事では、Linux環境を作るための仮想化ソフトウェアのインストール方法を紹介します。この仮想化ソフトウェアを用いることで、WindowsのPCの中に、Linux環境を構築することが可能となります。