acpype

GROMACS計算の下準備　～複数成分系の場合～

今回は、複数成分系の場合を対象に、GROMACSで分子動力学計算を行うための下準備を行っていきます。、ベンゼンとエタノールをそれぞれ250分子入れた混合系を計算する場合を例にして説明していきます。

分子動力学

GROMACS計算の下準備　～分子構造作成・力場割り当て・分子の集合体の準備～

今回は、実際に分子動力学法による計算を行うための下準備を行っていきます。以前の記事「分子動力学法の計算の流れ」で計算の流れを説明しました。この流れに沿って、下準備のやり方を書いていきます。

分子動力学

acpypeのインストール

分子動力学法の下準備に便利なプログラムであるacpypeのインストール方法を紹介します。この力場の割り当てを手動で行うのは非常に手間であり、何らかのプログラムを使って割り当てることを推奨します。その際に役立つプログラムの一つがacpypeです。

分子動力学