分子動力学 acpypeのインストール
分子動力学法の下準備に便利なプログラムであるacpypeのインストール方法を紹介します。この力場の割り当てを手動で行うのは非常に手間であり、何らかのプログラムを使って割り当てることを推奨します。その際に役立つプログラムの一つがacpypeです。
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計算化学全般 Minicondaのインストール
AnacondaとMinicondaについて紹介します。これらはPythonとR用のディストリビューションツールです。ディストリビューションとは、ソフトウェアの集合体とだけ理解しておけばここではOKです。機械学習やデータサイエンスを始めるのに非常に便利なプログラムです。
分子動力学 分子動力学法の計算の流れ
今回は、分子動力学法による計算の流れについて書いていきます。シミュレーションができる環境が整っても、どのように計算を進めていけば良いのかわからないケースは多々あると思います。そのため、実際の計算を始める前に、一度全体の流れを把握することをお勧めします。
分子動力学 GROMACSのインストール
今回は、以前に紹介した分子動力学法のプログラムの一つ、GROMACSのインストール手順を紹介します。初めて計算化学をやってみる人にとって、大きな障害となる一つがLinux環境へのプログラムのインストールと思います。そういった場合に、本記事を参考に頂ければ嬉しい限りです。
計算化学全般 CMakeのインストール
GROMACSのインストールにあたって、CMakeというプログラムのインストールが必要になります。CMakeの詳細は省きますが、インストールの手順はこの記事で説明していきます。
計算化学全般 Tera Term ・ WinSCPのインストール
今回は、VirtualBoxの仮想環境を使いやすくするためのツールを紹介します。VirtualBoxの仮想環境を起動した際に表示されるウインドウでも問題なく使えますが、操作のしやすさやファイルの移動がしにくいと感じると思います。
計算化学全般 VirtualBoxへのAlmaLinuxインストール
今回は、前回の記事でインストールしたVirtualBoxを使って、Linuxの仮想環境を作成する手順を紹介します。
計算化学全般 VirtualBoxのインストール
この記事では、Linux環境を作るための仮想化ソフトウェアのインストール方法を紹介します。この仮想化ソフトウェアを用いることで、WindowsのPCの中に、Linux環境を構築することが可能となります。
計算化学全般 計算環境はWindows or Linux ？
OS（Operating System）はパソコンを動かすための基本のプログラムのことで、WindowsやmacOS、Linuxとかのことですね。計算環境を構築するにあたり、どのOSで計算環境を構築するかは非常に重要な問題となります。
分子動力学 分子動力学法のオススメのプログラム
今回は分子動力学法のオススメのプログラムを紹介します。分子動力学法（Molecular Dynamics , MD）とは古典力学や統計熱力学に基づいたシミュレーション手法です。まずは実際にプログラムを使ってシミュレーションを体験することを目指して頑張ってみましょう！