分子動力学

分子動力学法の下準備に便利なプログラムであるacpypeのインストール方法を紹介します。この力場の割り当てを手動で行うのは非常に手間であり、何らかのプログラムを使って割り当てることを推奨します。その際に役立つプログラムの一つがacpypeです。

今回は、分子動力学法による計算の流れについて書いていきます。シミュレーションができる環境が整っても、どのように計算を進めていけば良いのかわからないケースは多々あると思います。そのため、実際の計算を始める前に、一度全体の流れを把握することをお勧めします。

今回は、以前に紹介した分子動力学法のプログラムの一つ、GROMACSのインストール手順を紹介します。初めて計算化学をやってみる人にとって、大きな障害となる一つがLinux環境へのプログラムのインストールと思います。そういった場合に、本記事を参考に頂ければ嬉しい限りです。

今回は分子動力学法のオススメのプログラムを紹介します。分子動力学法（Molecular Dynamics , MD）とは古典力学や統計熱力学に基づいたシミュレーション手法です。まずは実際にプログラムを使ってシミュレーションを体験することを目指して頑張ってみましょう！